Veden laatu ja ravinteiden hallinta
Typpikierto
Merten eliöstö syö ja tuottaa aineenvaihduntansa tuloksena ammoniumia (NH4+), joka on myrkyllistä kaloille ja selkärangattomille. Luonto on kätevästi luonut keinon ammoniumin muutamiseksi vaarattomammiksi yhdisteiksi ja tämä keino on bakteeristo joka kykenee hapettamaan ammoniumia muiksi typpiyhdisteiksi. Levät ja muu kasvusto käyttää myös ammoniumia ravinteenaan, mutta suurin osa päätyy typpibakteereiden hapetettavaksi ja ensimmäinen bakteerilajisto hapettaa ammoniumia nitriitiksi (NO2). Nitriitti on kaloille ja selkärangattomille erittäin myrkyllistä jo pieninä pitoisuuksina, mutta tämän ongelman oikaisee toinen hajoittajabakteereiden lajiryhmä, joka hapettaa nitriitin edelleen nitraatiksi (NO3). Kalat ja selkärangattomat sietävät nitraattia paljon suurempina pitoisuuksina kuin kahta edellistä typpiyhdistettä.
Nämä edellämainitut bakteerit asuvat sekä luonnossa, että akvaariossa kaikilla pinnoilla jotka ovat kosketuksissa veden kanssa. Akvaario-olosuhteissa eläväkivi näyttelee erityisen suurta roolia hajoittajabakteeriston asuinsijana, sillä sen huokoisen rakenteen ansiosta se tarjoaa bakteeristolle suuren kasvualustan. Tämä on yksi syy sille minkä takia riutta-akvaariossa riittävän voimakas veden virtaus on niin tärkeä asia. Bakteeristo elää parhaiten hapekkaassa, virtaavassa vedessä joka kuljettaa niille happea sekä ravinteita käytettäväksi. Riittävästi elävääkiveä sisältävä riutta-akvaario ei tarvitse erillisiä biologisia suodattimia, sillä elävänkiven ja hiekan pinnoilla elävä bakteeristo riittää normaalisti normaalisti kansoitetussa altaassa hajoittamaan eliöstön tuottamat typpiyhdisteet vaarattomammiksi.
Vähäravinteinen merivesi
Merivesi poikkeaa makeista sisävesistä merkittävästi siinä, että se ei sisällä juuri lainkaan liuenneita epäorgaanisia fosfaatteja tai typpiyhdisteitä. Se on tällöin hyvin ravinneköyhää ja kaikki eliöstön hajoamisesta ja aineenvaihdunnasta syntyneet ravinteet käytetään nopeasti ja tehokkaasti uudelleen yhteyttävien levien toimesta. Luonnon merivedessä koralliriutta-alueilla typpeä (N) on vedessä nitraatin (NO3 muodossa noin 0,4 mg/l ja fosforia (P) fosfaatin (PO4 muodossa 0,07 mg/l. Akvaario-olosuhteissa tilanne on toinen, sillä eliöstöä on ympäröivään vesimäärään nähden valtavasti enemmän kuin merivedessä. Luonnossa riuttoja huuhtoo loputtoman valtava vesimassa, joka tuo riutoille aina lisää ravinneköyhää ja tasalaatuista vettä, mutta akvaario-oloissa tätä ylellisyyttä ei ole tarjolla vaan ravinteet on saatava järjestelmästä pois muilla keinoilla.
